Seule 5% de la surface du pays est utilisée pour l'agriculture. La déforestation atteint des proportions qui en font un problème majeur pour l'écologie et l'économie de l'île. Les eaux sont de plus en plus polluées par des rejets humains incontrolés, d'où parfois un risque de maladie (choléra) dans les zones de fortes densités.

Climat

Madagascar est découpé en cinq zones climatiques :

1. Au nord et nord-ouest, la région reçoit des pluies annuelles abondantes pendant la mousson, période qui dure de décembre à avril. Le climat est de type équatorial et les températures varient de 15°C à 37°C.
2. Sur la côte est, du nord-est au sud-est, règne un climat équatorial très humide et la côte rectiligne est exposée annuellement aux alizés et aux cyclones dévastateurs entre les mois de janvier et mars.
3. La grande région de l’ouest de Madagascar est moins pluvieuse que la précédente et se caractérise par des savanes étendues à perte de vue. Les températures y varient de 10°C à 37°C.
4. Au centre de l’île, les Hautes Terres se trouvent à une altitude qui varie de 1 200 à 1 500 mètres. Le climat est de assimilé  de type subtropical à pluies estivales dominantes avec des températures annuelles moyennes de l’ordre de 20°C.
5. L’extrême sud de la Grande Île est très sec et les pluies sont rares. L’amplitude thermique est très élevée allant de 6°C à 40°C. Le climat est de type subdésertique.

L’île subit l’influence des alizés et de la mousson. Il existe deux saisons :

1. la saison des pluies (saison chaude) de novembre à avril,
2. la saison sèche (saison fraîche) de mai à octobre.

Un passé géologique original

La dérive des continent a montré que l’Inde, l’Australie, l’Antarctique, Madagascar, le sud de l’Afrique et de l’Amérique étaient réunies en une terre appelée Gondwana.

A la fin de l’ère Tertiaire, il y a 150 millions d’années, cette terre s'est disloquée pour former les continents. Dès la période Quaternaire, Madagascar se trouvait à peu près à l'endroit où elle se situe actuellement.

Cette origine permet d’expliquer l’existence d’une faune et d’une flore communes à Madagascar et au sud des continents africain et américain ainsi que des profils géologiques très proches. Néanmoins, l'isolement de Madagascar au cours des temps géologiques a fait évoluer la faune et la flore de façon unique. On trouve donc sur la grande île des espèces particulières qui n'existent nulle part ailleurs (endémiques) dont les lémuriens sont un exemple célèbre. Du point de vue géologique, on retrouve dans la structure de la Grande Île toutes les périodes de l’histoire de la planète. Le point culminant de l’île est le Maromokotro dans le massif du Tsaratanana à 2 876 mètres d’altitude.

Du fait de son relief, Madagascar réunit une véritable mosaïque de paysages. L’île est faite de contrastes entre le bush du grand Sud, les forêts humides de l’est, les hauts plateaux granitiques du centre, parfois surmontés de massifs volcaniques et les savanes des collines sédimentaires de l’ouest.